Oddział Ginekologiczny zajmuje pierwsze piętro pionu ginekologiczno – położniczego. Dysponuje 7 salami ogólnymi (w tym 3 jednoosobowymi) oraz 1 salą pooperacyjną (łącznie 21 łóżek). Każda z sal wyposażona jest w węzeł sanitarny, radio, TV.
Oddział zajmuje się profilaktyką, diagnostyką oraz leczeniem zachowawczym i operacyjnym schorzeń ginekologicznych łącznie z zabiegami onkologicznymi.Operacje wykonywane są metodami klasycznymi oraz z wykorzystaniem najnowszych metod endoskopowych takich jak: laparoskopia, histeroskopia. Jako jedyny oddział w Olsztynie wykonujemy zabiegi operacyjne w nietrzymaniu moczu z użyciem materiału syntetycznego – TOT oraz w zaburzeniach statyki narządu rodnego – techniką double TOT.